Cursó estudios en las universidades de Padua, Viena y París. Posteriormente fue profesor de psiquiatría en la Universidad de Pavia y director del manicomio de Pesaro. Ocupó las cátedras de medicina legal e higiene, de psiquiatría y de antropología criminal en la universidad de Turín. Escribió El hombre delincuente (1876) y La mujer delincuente (1893), donde sostuvo que la criminalidad representa un fenómeno biológico producto de la degeneración, identificable a partir de la fisonomía, induciendo la creación de una escuela de antropología criminal, de donde se desarrolló la criminología.
Afirmaba que algunos criminales representaban un retroceso a etapas pasadas y más primitivas de la evolución del ser humano. Según él, estos criminales natos eran distinguibles por la presencia de una serie de anomalías físicas y mentales. Sus teorías gozaron de influencia, que fue perdiendo a medida que el énfasis en las influencias ambientales fue reemplazando la hipótesis de las causas hereditarias o congénitas de la criminalidad.
Entre sus obras destacan: El genio y la locura (1864), L'antisemitismo e le scienze moderne (El antisemitismo y la ciencia moderna, 1894), El crimen, causas y remedios (1899) y Los fenómenos de hipnotismo y espiritismo (1909).
Cesare Lombroso falleció el 19 de octubre de 1909 en Turín.
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